菲律宾的交通运输主要以公路和水运为主。其中，公路里程总长约21.6万公里；水运里程总长3219公里，全国共有大小港口数百个，商船千余艘；航空运输主要由菲律宾航空公司等航运企业经营，国内航线遍及40多个城市，与30多个国家签订了国际航运协定；铁路不发达，主要集中在吕宋岛，总长1200公里。

马尼拉港区沿海岸南北伸展，以巴石河口为界分为南北两大港区。

北港自巴实河口北岸开始，由陆岸向西伸展8座突堤，但水深较浅，仅供沿海船只停靠。

南港自巴实河口以南，陆岸略转东南，5座突堤伸向西南，外有防波堤保护。

为适应港口集装箱吞吐量的发展，在马尼拉北港和马尼拉南港之间，由巴石河口北岸向西伸展建有大突堤，在北港原防波堤外建有国际集装箱港区，有4个集装箱泊位，码头岸线长986米，前沿水深平均10.4米。

除以上公共港区外，在港口西南，马尼拉湾入口东南还有罗萨里奥石油、危险品港区，有海上和码头泊位各1个，海上泊位可系泊4.5万吨级船只。

马尼拉港主要有3个港区，分别为马尼拉北港、马尼拉南港和马尼拉国际集装箱码头。

马尼拉北港占地53公顷，由国际集装箱码头服务公司的子公司马尼拉北港港口公司运营，北港共有7个码头（2、4、6、8、10、12和14号码头）。

马尼拉南港占地80公顷，位于马尼拉港区，由亚洲码头公司运营。

南港共有5个码头（3、5、9、13和15号码头），在13号码头和15号码头之间设有客运站。

马尼拉国际集装箱码头由国际集装箱码头服务公司运营，是亚洲主要海港之一，也是菲律宾最活跃的港口之一，它位于北港和南港之间。

2018年马尼拉港货物吞吐量达1.076亿吨，其中国内4053万吨，国际6707万吨；集装箱吞吐量达505万TEU，其中国内150.73万TEU，国外357.75万TEU，转运3.51万TEU。

2019年第一季度，马尼拉港完成货物吞吐量2557万吨，集装箱吞吐量128万吨，客运量43.3万人。